２０３０年、千葉県逃尾市。“何でも屋”な町工場「オオタキファクトリー」の有川ユンは、誰も住んでいないはずの洋館に気配がするということで調査へ。空想生物を研究する大学院生の神野銘は、旧嗣野地区管理局“ミサキオク”で受信された謎の信号の調査へ。まったく違う調査で、まったく違う場所を訪れた見知らぬ同士の2人は、それぞれの場所で同じ歌を耳にする。その歌は2人を繋げ、世界中を巻き込む想像を絶する戦いへと導いていく。孤高の研究者が残した謎、各国に出現する怪獣たち、紅く染められる世界。果たして2人は、人類に訪れる抗えない未来＜ゴジラ＞を覆せるのか―。